Komuniteti Mysliman i Shqipërisë ka dy nënkryetarë. Nënkryetarët emërohen dhe shkarkohen në bazë të procedurave dhe kritereve të përcaktuara në Statutin e KMSH-së.
Nënkryetarët janë në vartësinë direkte të Kryetarit dhe japin llogari para tij, kryesisë dhe Këshillit të Përgjithshëm.
Nënkryetar
Nënkryetar i Komunitetit Mysliman të Shqipërisë, përgjegjës për koordinimin e veprimtarive fetare.
Nënkryetar
Nënkryetar i Komunitetit Mysliman të Shqipërisë, përgjegjës për koordinimin e veprimtarive administrative.